Евгений Родионов был убит в плену 23 мая 1996 года. В убийстве признался Руслан Хайхороев. В присутствии иностранного представителя ОБСЕ он рассказал: «…У него был выбор, чтобы остаться в живых. Он мог бы веру сменить, но он не захотел с себя креста снимать. Бежать пытался…». 23 мая, после 100 дней плена и жестоких пыток, Евгению Родионову и его сослуживцам было предложено снять нательный крест и принять ислам. После отказа Андрея Трусова, Игоря Яковлева и Александра Железнова расстреляли, а ещё живому Евгению Родионову отрезали голову.
Вскоре после захвата в плен мать Евгения, Любовь Васильевна, приехала в Чечню на поиски сына, как считалось, дезертира. Его командир сообщил ей, что он в плену, но не проявил никакого участия к его судьбе. В конце концов, она была вынуждена заплатить боевикам деньги, чтобы узнать место захоронения сына.
Тело Евгения мать опознала по нательному кресту. Позже результаты опознания подтвердила экспертиза.
Похоронен Евгений Родионов близ деревни Сатино-Русское Подольского района Московской области, возле церкви Вознесения Христова.
Награждён орденом Мужества и орденом «Слава России» (посмертно).
21 октября 2008 года воин Евгений Родионов прославлен в лике мучеников как местночтимый святой Астраханско-Енотаевской епархии Русской Православной Церкви. Является местночтимым святым в Сербии.
В 2009 году школа № 4 г. Кузнецка Пензенской области была названа его именем. 25 сентября 2010 года во дворе школы состоялось открытие памятника Родионову в виде бронзовой свечи, пламя которой обнимает держащего крест воина.
Даже под угрозой смерти он не снял крестик,не сменил веру.Евгений умер в собственный день рожденья, ему исполнилось 19 лет.