Попытки расшифровки предпринимались еще в старину, а Уилфрид Войнич разослал мимеографические копии текста известным ученым и дешифровщикам своего времени. Тем не менее, до сих пор никто не представил убедительной версии, и это тем более удивительно, что современная криптография добилась в своей области значительных успехов. Существуют три гипотезы относительно природы рукописи: это может быть действительно книга на неизвестном языке, это может быть изощренный шифр и, наконец, это может быть изощренный розыгрыш. На такой розыгрыш наверняка ушла уйма времени и усердия, но если учесть, что Рудольф Второй, правивший в Праге, большой энтузиаст магии и алхимии, заплатил за нее 600 дукатов, порядка 50 тысяч долларов в современном исчислении, овчинка стоила выделки. Известен также возможный кандидат на роль жулика — англичанин Эдвард Келли, соратник английского алхимика и оккультных дел мастера Джона Ди, жившего в Праге.  

   Нельзя утверждать на сто процентов, что тайна рукописи Войнича сегодня разгадана, но Гордон Рагг, опубликовавший результат своих исследований на страницах журнала Scientific American, довольно убедительно пишет о том, что эта книга — скорее всего дело рук весьма искушенного мошенника."Критики этой гипотезы отмечали, что "войничский язык" слишком сложен для бессмыслицы. Как мог средневековый мошенник произвести на свет 200 страниц письменного текста с таким множеством тонких закономерностей в структуре и распределении слов? Но можно воспроизвести многие из этих замечательных характеристик "войничского", используя простое кодирующее устройство, существовавшее в XVI столетии. Текст, генерируемый этим методом, выглядит как "войничский", но представляет собой чистую чепуху, без всякого скрытого смысла. Это открытие не доказывает, что рукопись Войнича — розыгрыш, но оно подкрепляет давнюю теорию, что документ мог быть состряпан английским авантюристом Эдвардом Келли, чтобы провести Рудольфа Второго". Для того, чтобы понять, почему на разоблачение рукописи ушло столько времени и усилий квалифицированных специалистов, о ней надо рассказать несколько подробнее. Если мы возьмем рукопись на неизвестном языке, то она будет отличаться от заведомой подделки сложной организацией, заметной на глаз и тем более при компьютерном анализе. Не вдаваясь в подробный лингвистический анализ, можно отметить, что многие буквы в реальных языках встречаются только в определенных местах и в сочетании с определенными другими буквами, и то же можно сказать о словах. Эти и другие черты реального языка действительно присущи рукописи Войнича. Говоря научно, она отличается низкой энтропией, и подделать текст с низкой энтропией вручную практически невозможно — а ведь речь идет о XVI столетии. 

  Тем не менее, Гордону Раггу удалось найти инструмент, уже существовавший в XVI веке — более того, известно, что главный подозреваемый, Эдвард Келли, им пользовался. Это так называемая "решетка Кардано", шифровальное устройство, изобретенное итальянским математиком Джироламо Кардано. Его простейшая разновидность — квадрат с прорезями по определенной формуле, в которые вписываются буквы. Заполнив все прорези, его поворачивают и пишут дальше, всего четыре раза, и в результате получается текст, прочитать который может лишь обладатель идентичной решетки.По словам Гордона Рагга, ему удалось показать, что с помощью решетки Кардано можно не только шифровать осмысленный текст, но и генерировать бессмысленный, налагая ее на произвольное сочетание букв или даже слогов, как это, видимо, было в случае рукописи Войнича, и такой текст будет обладать низкой энтропией, как если бы был написан на реальном языке.Хотя текст рукописи Войнича отличается тонкой организацией, некоторые его характеристики несовместимы ни с каким реально существующим языком. Единомышленники императора Рудольфа всегда вольны давать этому оккультное объяснение, но и оно упирается в тот факт, что до сих пор никому — ни полубезумным энтузиастам-одиночкам, ни профессиональным лингвистам и дешифровщикам — не удалось убедительно перевести ни одной фразы из этой книги. Гордон Рагг вовсе не утверждает, что его открытие полностью доказывает мошенническое происхождение одной из самых загадочных книг в истории человечества. Все, что он сделал — это впервые показал, что мошенничество было возможно и осуществимо доступными в ту пору средствами. А в сочетании с легковерием Рудольфа и весьма темной репутацией Эдварда Келли открытие Рагга выглядит достаточно правдоподобным.