При "перших совітах" перебуває у підпіллі. Відтак переходить радянсько-німецький кордон і оселяється в Кракові, де діяв провід Революційної ОУН під керівництвом Степана Бандери.Арсеничу доручають створити військову розвідку ОУН, а в квітні 41-го Бандера призначає його керівником структури. За свідченням брата Степана, заарештованого у цей час НКВС, Микола активно вивчав досвід та методи агентурної робити радянської спецслужби, "особых отделов".
Завдання СБ були такими: протидія діяльності агентів НКВС і гестапо, охорона чільних членів ОУН, контроль за дотриманням конспірації, підтримка внутрішньої безпеки, розвідка та контррозвідка, організація диверсій, розслідування кримінальних злочинів, скоєних членами бандерівської ОУН, а також "розробка мельниківців та інших націоналістичних формувань".Дякуючи наполегливій роботі Арсенича, СБ стала "державою в державі", однією з найбільш розбудованих структур ОУН. Кожний підрозділ складався з голови (референта), 2-3 слідчих, 10-20 бойовиків і навіть архіваріуса.
Важливим напрямом роботи була протидія на провокаційну роботу радянських спецслужб, які не просто насичували підпілля своїми агентами, зокрема й перевербовуючи партизан, але й розгойдували атмосферу підозр, ініціювали тертя всередині ОУН. Для цього есбістам підкидали фальшиві радянські агентурні списки, робилися фотомонтажі, де повстанці перебували в компанії співробітників НКВС-МГБ тощо.
Дослідники Дмитро Вєдєнєєв і Геннадій Биструхін підрахували за архівними документами СБУ, що восени 1946 р. агентурний апарат МГБ на заході України нараховував 644 резиденти, 2249 агентів і 18165 інформаторів. І, само собою, існували чекістські агентурно-бойові групи та легендовані крайові проводи (як-от київський, якому підпорядковувалися сотні патріотів), які діяли під виглядом підрозділів ОУН і УПА. Станом на 1 липня 1945 р. діяло 156 спецгруп НКВС чисельністю 1783 особи, найбільше – на Рівненщині (зауважте, якраз там, де і "чистка" була найсильнішою).Отже, з'ясування, скільки життів забрали перевдягнені радянські підрозділи, ще попереду.
Охороняв Миколу Арсенича спецпідрозділ СБ - так звана "двадцятка". Щоправда кількість "спецназу" не завжди дорівнювала двадцяти. Останній із цих хлопаків підірвав себе гранатою за кілька хвилин до смерті шефа. Пильність й інтуїція заставили керівника СБ перевірити найближче оточення. Під перевірку потрапила й зв'язкова Генерала Чупринки С. Галушка (псевдо Марійка, Наталка).Підозри головного есбіста остаточно оформилися після дивної ліквідації органами двох криївок Романа Шухевича. Вже тоді кільце людоловів стискалося навколо провідника.
З Галушкою МДБ провело витончену гру : арешти, биття, звільнення переодягненими у *своїх* агентами МДБ, знову катування...Галушка не чекала пощади ні від тих, ні від інших - і здавала своїх, щоб жити. Ця жінка відіграє фатальну роль у житті референта СБ і загине разом із ним.
В останньому листі, надісланому до Шухевича 11 січня 1947 року, Арсенич пише про реорганізацію підпілля і перехід до затяжної тактичної боротьби з більшовиками. Він визнає: "Якщо ми не піднімемо Схід, то в нас не найдеться гідних наступників нашої боротьби... але на найближчий час перспектив немає і навряд чи будуть протягом найближчих декількох десятків, а може і сотень років. Злодійство, грабежі - це відбувається не тільки в колоніальному СРСР, але щоб на охороні СРСР стояли такі циніки - я цього не очікував".
УПА протистояла вишколена і загартована ще у внутрішній боротьбі проти свого народу диявольська машина. Радянські оперативники, маючи десятилітній досвід лукавих провокацій, використовували розмаїті засоби, в тому числі і технічні - фотомонтаж і підробку документації. МДБ заставляло людей співпрацювати не лише мордуванням, а брало в заручники рідних і близьких сексотів. СБ відповідало терором, часто внутрішнім, так званими "чистками". Степан Бандера наказував: "При новій ситуації складаються нові способи боротьби з більшовиками. Під впливом більшовицької дійсності менш стійкі елементи, безумовно, в абсолютній більшості перейдуть на сторону більшовиків, а тому необхідно негайно і таємно, в ім'я великої національної справи, вищезгаданий елемент ОУН-УПА ліквідувати". Жорстоко? Так ми з Кремлем не в "бірюльки" ж грали.
Загинув Микола Арсенич 23 січня 1947 року біля села Жуків Бережанського району в лісному бункері. Його охоронець підірвався на гранаті. Генерал СБ застрелив свою дружину Ганну, зв'язкову Шухевича Галушку, облив у бункері гасом, підпалив документи і застрелився сам. Рішення про присвоєння звання генерала безпеки присвоєне йому, за більшістю джерел, посмертно.
В 1950 році керівник УПА Василь Кук особисто заборонив терористичну діяльність, якщо це загрожує розконспірації, 1951 року Службу Безпеки було розпущено.
