Купол пещеры разрушился в результате землетрясения еще 4 тысячи лет назад. С тех пор солнечные лучи, попадая внутрь и преломляясь в водной толще пещерного озера, придают ей необыкновенно яркую синеву и озаряют светом до самого дна. Проплывая на лодке по озеру, возникает чувство, что она витает в лазурной невесомости – настолько вода в нем чиста и прозрачна. Даже на максимальной глубине – 14 метров - можно рассмотреть дно водоема.

 
Согласно мифологии, пещера была связана с божественным началом из-за ее восхитительной красоты и изолированности от посторонних глаз, поэтому идеально подходила для проведения религиозных церемоний. Много столетий это чудо природы было лишено внимания людей, пока местный пастух - Гианнис Петрохелиос - случайно не нашел пещеру, которая заворожила его своим видом. В прежние времена древние греки использовали Мелиссани как святилище – греческий археолог С. Маринатос нашел здесь глиняную фигурку бога Пана (бог леса, пастухов и охотников), глиняный диск, на котором изображены танцующие нимфы, а также небольшую плиту с рельефным рисунком женщины. Эти древние реликвии можно увидеть в музее, расположенном в столице острова Кефалония - Аргостоли.


Кроме интересных мифов, связанных с озером Мелиссани, оно удивляет еще и своей уникальной геологией. В водоеме смешана морская и пресная вода. Соленая вода поднимается в пещеру Мелиссани с 30-ти метровой глубины с одного ее края и протекает к другому, таким образом она делает огромную петлю, циркулируя с моря в пещеру, а оттуда возвращается обратно в морские объятья. Перед тем как проникнуть в пещерное озеро она предварительно проделывает в недрах земли длинный путь в 13 км. А в подземный ход вода впитывается в месте, называемом Катавотрес.


Природа в удивительной пещере Мелиссани поработала на славу: она густо украшена сталагмитами и сталактитами, вход в нее утопает в буйстве зелени, а озеро, несмотря на то, что оно пещерное, щедро залито светом и играет яркими переливами красок.