Крупнейшее массовое убийство летом 1941 года было совершено ночью 8 июля в Тарту. 2 июля все заключённые Тартуской тюрьмы были отправлены в Сибирь, однако за следующую неделю тюрьма была снова переполнена. Сюда были переведены арестованные из других мест заключений Южной Эстонии, а также люди, задержанные ополченцами истребительных батальонов. Никакого расследования и судебного разбирательства над виной арестованных не происходило. За 2 дня до отступления советских властей из Тарту на заседании местного комитета ЭКПб по требованию председателя Тартуского отделения НКВД П.Афанасьева и секретаря ЦК ЭКПб Абронова было принято решение расстрелять заключённых. По распоряжению П.Афанасьева решение было приведено в исполнение в ночь с 8 на 9 июля. Из 223 заключённых, находившихся в тюрьме, было убито 192 ( 172 мужчин и 20 женщин ), в их числе были известный писатель Юри Парийыги, актриса Ида Суверо, пастор Тартуского прихода Маарья Аксель Вооремаа и др. Убитые были погребены в яму или брошены в находящийся здесь же колодец.

Не смотря на тартуское массовое убийство, количество жертв террора на территории Южной Эстонии оставалось меньшим, чем в Северной Эстонии. Причиной этого были здесь как быстрое продвижение немецких войск, так и решительная деятельность лесных братьев. Власть красноармейцев была низвергнута раньше, чем те успели развернуть со всей силой смертоносную деятельность. Увы, наступление германских войск в Эстонии к середине 1941 года приостановилось, что дало возможность истребительным батальонам продолжать свой террор в Северной Эстонии. 

В Садъярве был убит сын полковника Карла Партса - Эмиль Партс. Его облили кислотой, руки обвязали колючей проволокой  за спиной и затолкали в штаны разорванные куски эстонского флага. 24 июля 1941 года были убиты хозяин хутора Симисалу Густав Вильямаа и его жена Розалине Вильяма. Сам хутор был предан огню.

31 июля 1941 года истребительные батальоны и войска Советской Армии провели облаву с целью истребления разведочной группы Эрна, прибывшей в Эстонию из Финляндии. Этой группе вместе с большей частью лесных братьев удалось прорваться через кольцо окружения, в отместку за это члены истребительных батальонов начали убивать жителей и сжигать хозяйства. В Каутле заживо были сожжены батрачка Ида Халлорав, хозяйский сын Йоханнес Линдеманн и ещё трое мужчин. Всего жертвами красного террора в этой окрестности стало 25 человек, было разрушено 28 хозяйств.

К этому времени положение на фронте стало решительно меняться. Немецкие войска прорвались через советскую оборону и быстро продвигались вперёд. Отступающая Советская Армия оставила за собой кровавую полосу, убивая, насилуя, сжигая хозяйства. 27 июля 1941 года красноармейцы и ополченцы подожгли часть деревни Эериквере, истребив всех встретившихся жителей, в основном женщин и детей. 

Молодой женщине Херте Шасмин, пытавшейся бежать вместе со своим двухлетним ребёнком, проткнули штыком в спину, при это острие штыка поразило ногу дочери, бывшей у неё на руках. Подобные насилия происходили и в Вирумаа. Так, в Виру-Кабала жертвами террора пало несколько десятков человек. 8 августа 1941 года в корчме Карукырц д.Хаансалу под огнём автомата и гранат было убито 11 человек, в их числе и 7-дневный грудной ребёнок. В живых остался только сын хозяина Яан Силланди, не найденный лишь потому, что успел спрятаться под кровать. 

28 августа 1941 года немецкие войска заняли Таллинн. Вскоре под их контроль подпала вся материковая часть Эстонии. Однако террор на территории Эстонии ещё не был прекращён.

Под контролем советских войск оставался остров Сааремаа, где осень 1941 года разразился массовый террор. Аресты проводили здесь органы госбезопасности во главе с Висилием Рийс и моряками военно-морского флота. Арестованные были переданы военному трибуналу Береговой охраны Балтийского района, резиденцией которого был Курессаарский замок; во главе трибунала был военный прокурор Виктор Корсунов. Расследование вины арестованных практически не происходило, однако избивали и пытали их зверски. 

У заведующего Курессаарской морской школы Юлиуса Теэяаре была обожжена нога, были обожжены ноги и у других жертв - их ноги погружали в кипящую воду. У жертв были проколоты глаза. У одной женщины вырезаны груди. Всего на территории Курессаарского замка позднее было найдено 95 трупов гражданских лиц. Трибунал действовал и в волости Торгу - из общей могилы, расположенной в лесу Ийде, позднее было извлечено 20 трупов. Из-за относительно долгого задержания здесь советских войск, остров Сааремаа является наиболее сильно пострадавшей территорией в Эстонии, в процентном соотношении жертв террора ко всему населению острова. 

Имеются разные данные о количестве людей, ставших жертвами внесудебных репрессий летом 1941 года. К концу немецкой оккупации были получены сведения о 1950 убитых гражданах Эстонской Республики, и ещё о 235 человек, личность которых не удалось установить. На сегодня известны имена 179 расстрелянных и 2199 людей, убитых без следствия, преобладающую часть которых составляли гражданские лица.

К сожалению, это лишь малая часть страданий, выпавших на долю эстонского народа в 1940 - 1941 г.г. Кроме перечисленных выше преступлений, как своеобразную дополнительную депортацию можно рассматривать и принудительную мобилизацию в Советскую Армию, проведённую в Эстонии летом 1941 года, в результате которой было отправлено в Россию 33000 мужчин. Были отправлены в Россию и 5573 членов 22-го Территориального Корпуса, сформированного из эстонцев. Из последних в первые военные месяцы перешло на сторону немцев или попало в плен около 4500 человек, многие офицеры Территориального Корпуса к этому времени были уже под арестом или репрессированы. В августе 1941 года мобилизованных и оставшихся в живых ополченцев как неблагонадёжных поселили в военные лагеря, находящиеся в системе ГУЛАГ НКВД. По господствующим там условиям они практически не отличались от тюремных лагерей. Зимой 1941 года в бесчеловечных условиях так называемых трудовых батальонов погибло 8000 эстонцев. Остальных спасло от смерти формирование корпуса стрелков, в составе которого эстонцы сражались до конца войны. Потери эстонцев погибших в составе Советской Армии оцениваются по-разному, наиболее вероятная версия от 10000 до 20000 человек. 

Общие потери эстонского населения в результате советской оккупации 1940 - 1941 г.г. достигли 52750 человек. Это оставило неизгладимый след в памяти эстонского народа. Во много именно из-за пережитого в 1940 - 1941 г.г. эстонцы с отчаянной храбростью воевали в 1944 году в рядах Германской Армии против Советской Армии. После падения Финляндии осенью 1944 года Гитлер решил оставить Эстонию. Эстонцы, используя отступление немцев, попытались восстановить свою независимость, однако эта попытка была беспощадно подавлена советскими войсками. Эстония вновь попала под советскую оккупацию. 

И, чего и боялись, страну постигла новая и более широкая волна террора. Органы госбезопасности ещё до оккупации Эстонии были тщательно подготовлены к этому, в результате чего только в 1944 - 1945 г.г. было арестовано и отправлено в военные лагеря 10000 мужчин, около половины из них умерло там уже в течение первого года. Это, однако, было только начало. В 1945 году по национальному признаку ( немцы ) было выслано из Эстонии 407 человек. В том же году на основе архивных материалов было взято на учёт 45376 человек, данные 13830 человек были переданы для расследования в оперативные органы. В послевоенные годы по политическим соображениям в Эстонии было арестовано не менее 53000 человек. В принудительные трудовые лагеря в промежутке от 1944 по 1953 г.г. было отправлено от 25000 до 30000 человек, из них скончалось около 11000 человек. Многие заключённые умерли или были искалечены в результате пыток, произведённых во время допросов. 

Преступлением против человечности является и террор советских органов госбезопасности, учинённый против участников вооружённого движения сопротивления или же лесных братьев. Для того чтобы поймать их, органы госбезопасности зверски пытали людей, подозреваемых в их укрытии, насиловали их жён и знакомых женщин, били детей. Многие из тех, кого пытали, умерли или были искалечены, некоторые покончили самоубийством. Мрачное впечатление в памяти местного народа оставил, например, карательный отряд, действовавший в 1946 году в районе Мынисте. Допытываясь сведений о лесном брате Э.Лухтмаа у его жены Эльзы, офицер госбезопасности схватил с рук женщины грудного ребёнка и бил его головой об печь. В результате этого ребёнок вырос умственно неполноценным. Как правило, задержанных участников сопротивления расстреливали без всякого приговора или же пытали до смерти. И в других местах органы госбезопасности без суда и следствия расправлялись с пойманными лесными братьями или убивали местных людей, случайно оказавшихся на их пути. Агенты-убийцы, отправленные в леса по приказу органов охранки, убивали бойцов сопротивления во время сна или со спины. 

Только в первый год вооружённого сопротивления 1944 - 1945 г.г. погибло или было заключено в тюрьмы по советским данным 8468 лесных братьев. Из арестованных борцов сопротивления погибло в тюрьмах 4000 человек, примерно столько же погибло в боях, из последних на сегодня известны имена более 2000 мужчин и женщин.

К концу 1948 года вооружённое сопротивление понесло настолько большие потери, что его деятельность начала потихоньку угасать. Воспользовавшись этим, советские власти начали готовить новую широкую акцию принудительного переселения, которая должна была покончить со свободным крестьянством, способствовать принудительному объединению крестьян в колхозы, и, одновременно, подорвать социальную базу движения сопротивления.

В 1947 - 1948 г.г. органы советской власти начали составлять списки людей, подлежащих принудительной высылке. В докладе, отправленном в Москву 17 января 1949 года, первый секретарь ЦК КПЭ Николай Каротамм сделал предложение выслать из Эстонии 18000 - 20000 антисоветских деятелей, считая, при этом, важным провести подобные акции одновременно в Эстонии, Латвии и Литве. По линии Министерства внутренних дел ЭССР непосредственная подготовка к проведению депортации началась после соответствующего приказа министра внутренних дел СССР от 12 марта. Операцию должны были прикрывать войска конвоя 392 конвойный полк, отряды железной дороги 61 железнодорожный полк МВД, погранвойска. Для подвоза репрессированных с мест сбора на места погрузки требовалось 2772 грузовика, для подвоза их на места сбора - 12400 грузовых подвод с лошадьми, для перевозки депортированных в Сибирь пришлось подготовить 1079 вагонов. Для проведения операции требовалась и большая живая сила, хотя во многом оккупационные власти могли полагаться на своих местных исполнителей, то есть советских активистов. Так, в проведение широкой депортации на всей территории Прибалтики в 1949 году было задействовано 76212 человек, большую часть которых составили местные красные ополченцы. 

В ходе операции Прибой, которая началась ранним утром 25 марта, в течение двух дней из Эстонии было вывезено и размещено в глубинных областях Сибири около 3% тогдашнего населения Эстонии, большинство из которых составляли пожилые, женщины и дети. Если людей, включённых в список, не удавалось доставить на сборные пункты, брали с собой первых встретившихся. Людей, приговорённых к высылке, преследовали с помощью специально обученных собак. В третий день репрессий на поезд в деревне Мыйзакюла был приведён пожилой мужчина, тело которого было до неузнаваемости искусано собаками. Первоначально его никто не опознал. Мужчина жил ещё два дня, затем скончался. Только будучи в России, поняли, что это был бывший волостной старшина из Абья Яан Равель. У него не было с собой ничего, кроме небольшого чемодана, который до своей смерти он судорожно держал в своих руках. Чемодан сам был весь разорван, от содержимого в нём практически ничего уже не осталось. 

По имеющимся данным количество депортированных достигло 20702 человека, по дороге в Сибирь и другие поселения их них умерло около 3000 человек. Однако большая часть людей, включённых в список подлежащих высылке, смогла спрятаться. Всего из людей, оформленных на переселение, осталась невысланной 2161 семья, то есть 5719 человек. Многие из оставшихся невысланных оказались на нелегальном положении и преследовались органами госбезопасности, большинство из них были убиты или арестованы в результате облав в последующие годы. Небольшой части, однако, удалось скрывать себя или каким-то образом выкручиваться от облав.

Тайми Крейцберг, скрывавшаяся от репрессирующих властей, так вспоминает о своей судьбе:

,, Жила у своих знакомых до тех пор, пока мои братья не были задержаны, после этого больше уже не решались меня содержать. Что мне оставалось делать, куда идти? Пришла в сельсовет колхоза Варсту, чтобы выдать себя. Там меня сразу же задержали. Перевели в охранку Антсла, там увидела я шпика Роомуса Хиллари. В Антсле меня допросили, оформили протокол за столом, сама я должна была сидеть на полу под столом. Затем перевели в Выру, там меня не избивали, лишь в течение 3 дней не давали ни есть, ни пить. Сказали, что мы тебя не убьём, а будем пытать до тех пор, пока не выдашь всех бандитов. В течение почти что месяца меня водили по лесам и дворам лесных братьев, чтобы я, будучи провокатором, просила себе еду и укрытие, в то время как чекисты ждали на улице. Говорила людям, что выгоняйте меня, что послали меня органы. В конце концов, поняли, что пользы от меня нет, и сдали русским солдатам на изнасилование. Мне тогда и 16 лет ещё не было ,, .

Судьбу людей, депортированных в марте, поделили и главы семей, добровольно пожелавшие отправиться в дальние селения на помощь своим семьям. Тогда они тотчас были причислены в разряд нелегальных людей, и в разряд так называемых спасшихся от тюрьмы, то есть должников, которые якобы были заключены в тюрьму за неоплату высоких налогов, предусмотренных для их хозяйств. 

Хотя жизнь в Сибири не была настолько ужасной, как это было у репрессированных в 1941 году, жизненные условия, тем не менее, были трудные. Особенно трагической оказалась судьба 5000 эстонцев, отправленных на поселение в Омскую область недалеко от атомного полигона в Семипалатинске. В 1949 - 1956 г.г. там было произведено на земле и в воздухе около 260 взрывов атомных и водородных бомб. Жертвы облучения на десятки лет были оставлены без медицинской помощи. Больным, а также родителям, дети которых рождались мёртвыми или неполноценными, объясняли, что они заразились бруцеллёзом животных. 

Мартовское принудительное переселение 1949 года, однако, не стало последней карательной акцией, проведённой в Эстонии русскими. Последняя большая депортация в западных областях СССР была проведена в 1951 году. В ходе крупной акции из Эстонии в Сибирь было выслано 259 свидетелей Иеговы. В обычных темпах продолжался и арест людей. В 1950 годах наравне с лесными братьями и их помощниками особую роль стали занимать члены подпольных организаций учащейся молодёжи. Особенно противочеловечным был арест и повторная высылка в Сибирь в ходе массовой депортации 1949 года детей, которые были высланы в Сибирь в 1941 году и которым после окончания Второй Мировой войны было разрешено вернуться к родственникам в Эстонию. 

Известные изменения в характере советской террористической политики произошли после смерти Сталина в 1953 году, когда советское руководство должно было в какой-то мере либерализовать социалистическое общество. Это означало и освобождение большей части политзаключённых, и разрешение сосланным вернуться обратно на родину. Конфискованную собственность им не вернули, часто не давалось им также разрешение поселиться на свои бывшие места. Репрессированные и арестованные остались в Советском Союзе людьми второго сорта, права которых были ограничены и они продолжали находиться под надзором органом госбезопасности.

Хотя со второй половины 1950-х г.г. прямой террор со стороны Советского Союза отступил на задний план, влияние террора было уже налицо. Страх преследовал людей перед каждой свободной мыслью или заявлением. Каждый знал, что при надобности советское правительство не остановится ни перед каким жестоким насилием, и что любая попытка сопротивления при надобности будет кроваво потоплена. Продолжалось и демографическое влияние террора. В результате террора остались нерождёнными десятки тысяч детей. Советская национальная политика ещё в большей степени углубила демографическую проблему эстонцев. Вместо эстонцев, отправленных в Сибирь, на территорию Эстонии прибыло сотни тысяч колонистов с разных областей СССР. Это привело к резкому снижению состава эстонцев в населении Эстонии. Если в 1945 году эстонцы составляли 90% населения, то к 1989 году этот процент упал ниже 61%. 

В итоге к середине 1980-х г.г. эстонцы оказались на грани национальной катастрофы. От этого спасло лишь разрушение СССР и воссоздание Эстонией своей независимости. Между тем, влияние коммунистического террора сказывается до сих пор. Истребление целых поколений людей сделало демографическую обстановку Эстонии весьма сложной. Нормализация демографического состояния требует больших усилий и широких ресурсов, найти которые не так просто в Эстонии, которую разделяют от развитых стран 50 оккупационных лет. 

Международная комиссия по расследованию преступлений против человечности, созданная по распоряжению президента Леннарта Мари в октябре 1998 года, отметила в своём отчёте, что ответственность за преступления, совершённые на территории Эстонии, стоит за руководством СССР и ВКПб, давшим прямы приказы для проведения преступлений против человечности на эстонской территории. Эту ответственность разделяют и местные руководители-марионетки советского правительства, и местные деятели коммунистической партии. Прямая ответственность лежит и на тех людях, особенно на работников советских органов госбезопасности, которые непосредственно участвовали в совершении этих противогуманных преступлений. 

Эстонские органы правосудия в период независимости стали активно заниматься расследованием преступлений против человечности и призванием виновных в их совершении к суду. К сожалению, многие те преступники живут за пределами Эстонской Республики, в основном в России, отказавшиеся от всякого сотрудничества в деле расследования преступлений против гуманности. В последние годы Эстония вместе с другими балтийскими республиками неоднократно поднимала вопрос о необходимости признания и осуждения преступлений коммунизма на международном уровне. Россия, же остаётся уверенной концепции, выработанной в годы СССР, по которой Эстония была не оккупирована, а добровольно присоединилась к Советскому Союзу, следовательно, ни Советский Союз, ни его юридический преемник Россия, не могут быть ответственны за совершённые преступления. 

Такая позиция не отвечает ни исторической правде, ни чувству человеческого правосудия. Германия признала свою ответственность за развязывание Второй Мировой войны и за нацистский террор, кульминацией которого явился геноцид по отношению к евреям, извинились перед жертвами и возместила убытки компенсациями и иным способом. Россия же не делала ничего подобного и судя по всему и не собирается этого делать.