Руководил расстрелом комендант Дома особого назначения Яков Юровский. Около полуночи 16 июля 1918 года он поручил доктору Боткину обойти спящих членов царской семьи, разбудить их и попросить одеться. Когда в коридоре появился Николай II, комендант объяснил, что на Екатеринбург наступают белые армии и, чтобы обезопасить царя и его родных от артиллерийского обстрела, всех переводят в подвальное помещение. Под конвоем их отвели в угловую полуподвальную комнату размером 6х5 метров. Николай попросил разрешения взять в подвал два стула - для себя и жены. Больного сам император нес на руках. Едва они вошли в подвал, как следом за ними появилась команда расстреливавших. Юровский торжественно произнес:

- Николай Александрович! Ваши родственники старались вас спасти, но этого им не пришлось. И мы принуждены вас сами расстрелять...

Он стал зачитывать бумагу Уралисполкома. Николай 2 не понял, о чем речь, коротко переспросил:

- Что?

Но тут пришедшие подняли оружие и все стало ясно. Царица и дочь Ольга попытались осенить себя крестным знамением,- вспоминает один из охранников, но не успели. Раздались выстрелы... Царь не выдержал единственной пули нагана, с силой упал навзничь. Свалились и остальные десять человек. По лежащим было сделано еще несколько выстрелов...

...Дым застилал электрический свет. Стрельба была прекращена. Были раскрыты двери комнаты, чтобы дым рассеялся. Принесли носилки, начали убирать трупы. Когда ложили на носилки одну из дочерей, она вскричала и закрыла лицо рукой. Живыми оказались так же и другие. Стрелять было уже нельзя при раскрытых дверях, выстрелы могли быть услышаны на улице. Ермаков взял у меня винтовку со штыком и доколол всех, кто оказался живым".

Был час ночи 17 июля 1918 года. В ночной мгле за решеткой окна трещал мотор грузовика, пригнанного для перевозки трупов.

Как считает американский историк Ричард Пайпс, именно с убийства царской семьи в России начался красный террор, жертвами которого стали люди, казненные не потому, что они совершили преступление, а потому, что, как выразился Троцкий, их смерть была "необходима". Р. Пайпс отмечает, что казнь в Екатеринбурге означала для всего человечества вступление в качественно новую моральную эпоху - когда правительство присваивает себе право убивать людей, исходя не из конкретных законов, а из собственного понятия "целесообразности", что фактически приводит к отрицанию всей системы гуманных ценностей, созданных цивилизацией.